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Para iniciar una aplicación al iniciar Ubuntu ir a:

Sistema > Preferencias > Sesiones

Una vez abierto clicaremos sobre el botón Nuevo el cual nos abrirá una nueva ventana:

En Nombre pondremos el texto que queremos que muestre en la ventana principal (pestaña Programas de inicio). En Comando, el nombre de la aplicación a ejecutar.
Usando el botón Examinar… se abrirá la ventana del navegador donde podremos buscar el programas que queremos que se ejecute al inicio de sesión.

Esta opción puede ser muy útil a la hora de ejecutar por ejemplo, Compiz Fusion o Beryl.

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